Sistem tata pamong UIN Datokarama Palu didasarkan pada dua pondasi utama, yaitu Statuta dan Organisasi dan Tata Kerja (Ortaker) UIN Datokarama Palu. Ortaker yang digunakan di UIN Datokarama Palu sesuai dengan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia nomor 30 tahun 2021 tentang Peraturan Menteri Agama tentang organisasi dan tata kerja Universitas Islam Negeri Datokarama Palu. Mengacu pada ketentuan dalam Statuta, maka dalam menjalankan sistim tata pamongnya UIN Datokarama Palu didukung oleh organ yang terdiri dari Rektor, Senat, Satuan Pengawasan Internal, dan Dewan Penyantun (Statuta pasal 25). Rektor dalam menyelenggarakan tugasnya dibantu Wakil Rektor (I, II, dan III) (ortaker pasal 7).
Selanjutnya, sistim tata pamong UIN Datokarama Palu mengacu pada nilai-nilai dasar yang berasaskan pada kredibilitas, ketelitian, transparansi, akuntabilitas, bertanggung jawab, dan keadilan dengan menjunjung tata nilai UIN Datokarama Palu. Dalam implementasi tata pamong, seluruh struktur organisasi dan tata kerja UIN Datokarama Palu diatur mengacu pada Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia nomor 30 tahun 2021, demikian pula tugas pokok dan fungsi unit kerja di UIN Datokarama Palu menjadi bagian penguatan komponen UIN Datokarama Palu guna mendukung Good University Governance.
Struktur Organisasi UIN Datokarama Palu disusun berdasarkan referensi
Organisasi UIN Datokarama Palu
dari berbagai regulasi yang ada antara lain: Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional; Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi; Peraturan Pemerintah Nomor 4 Tahun 2014 tentang Penyelenggaraan Pendidikan Tinggi dan Pengelolaan Perguruan Tinggi; Peraturan Presiden RI Nomor 61 Tahun 2021 Tentang Perubahan dari IAIN Palu menjadi UIN Datokarama Palu; dan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 39 Tahun 2021 tentang Statuta UIN Datokarama Palu.
Adapun Struktur organisasi dan tata kerja UIN Datokarama Palu sesuai dengan yang tercamtum dalam Keputusan Rektor nomor 1272 tahun 2023 tentang struktur Organisasi dapat di lihat pada bagan berikut ini: